Phim Người Thầy Y Đức xoay quanh câu chuyện của Boo Jong Yoo (Han Suk Kyu), một bác sĩ phẫu thuật tài hoa đột ngột từ bỏ mọi thứ anh có để sống một cuộc đời bình lặng. Anh mở một bệnh viện tư ở một thị trấn nhỏ và chỉ khám cho những người dân ở đó. Ở đó Jong Yoo gặp được Dong Joo (Yoo Yeon Seok), một bác sĩ khao khát thành công và Yoon Seo Jung (Seo Hyun Jin), một bác sĩ không thể vượt qua nỗi ám ảnh về sai lầm trong quá khứ.